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到了第二十一集，却是讲述了……
回到17年前的故事。
那个时候，甚至第二次冲击事件都还没发生。
而此时出现了一个关键人物——碇唯。
这个名字一出现，观众们自然不会陌生。
这是男主角碇真嗣去世已久的母亲，碇源堂的妻子。
只是她究竟是因为什么原因去世的，至今未讲。
现在以倒叙的方式出现，大家自然对其很好奇的。
而她竟然是……副司令冬月博士的学生，共同研究着强大生物的课题。
就在这时，一个看着陌生又熟悉的男人出现了，他是……年轻时候的碇源堂。
此时他还没有戴上墨镜和有一脸象征成熟厚重的胡子。
没了墨镜，他如今看着就像是一个眼神阴郁的混混模样。
而此时的他名为陆源堂。①
然后他借酒醉打架的事件接触冬月，再且认识到碇唯。
因为碇唯此时早已因为家族的关系，加入到了Seele组织当中。
他很明显是抱着加入Seele组织来的。
但碇唯也觉得他是个很可爱的人，不论如何，他们就此相识、交往，到最后还结婚、产子。
陆源堂还是以入赘的方式改名为了碇源堂，并得偿所愿地凭借碇唯身后的碇家关系进入了Seele。
这个剧情一出，顿时观众们一片哗然。
“不是吧，竟然真的是入赘的？！”
周文伟麻了，他之前可是和女友柯心洁打赌，以碇源堂的能力不可能入赘的。
结果没曾想，碇源堂能加入Seele组织，全靠的入赘倒插门，借助的碇家势力。
不过仔细想想，Seele大概是非常严苛的组织势力，有的时候就算是一个人能力再强，也需要外力帮助才能进入这种组织。
有的时候，门槛就决定了身份。
“哈哈哈！我说吧！”
柯心洁很得意，说道，“我说很可能入赘吧，接下来一周你就愿赌服输吧。”
“好好好！”
周文伟无奈，但他其实心中也是有些好笑。
这种情侣之间的打闹，他倒不觉得有什么。
而其他观众则是对碇源堂竟然是入赘这件事，很是震惊。
“入赘的碇真嗣妈妈家，为的其实就是要加入Seele，然后一步步往上爬啊。”
“这种人当真是可怕，有能力有野心，还不在乎世俗的舆论。”
“老实说……碇唯又漂亮又温柔，学历还高，妥妥的白富美……其实我也不是不行。”
“对啊！不亏啊！入赘迎娶白富美，还能摇身一变，加入到地位极高的神秘组织里面，换我我确实愿意。”
“没看司令后面都沉迷温柔乡，喜欢上了碇唯吗？真的白富美，脾气又好，谁不喜欢啊？”
“话说我怎么感觉和青山老贼的经历有点像……”
“这么说，好像还真有点，站长可是现实中真正的白富美！”
“站长爹妈是千度老总啊，在千度的投资下才有了C站，你别说还真是！”
“还有青山老贼据说也是在站长还在大学期间就认识的站长啊！”
“懂了，这是青山老贼和站长为原型创作的作品（）”
“但青山老贼……很难想象他会是碇源堂那样的人，他一直都是疯疯癫癫的啊！”
“也是，大家就不要过于解读了，青山老贼又不是靠和站长在一起了才出名的，他一出道就是天才漫画家啊。”
“就是就是！”
……
而在陆源堂入赘碇家，成为碇唯的丈夫之后不久。
美里的父亲葛博士提出了S2理论，即“超级螺线管理论”。
理论基础是DNA这样的螺旋形状可以提供无尽的能量。
这个“S2”的名字一出，一下子就让人想到了前两集，律子和Seele都提到过的S2机关。
之前第十四天使袭击事件中，初号机暴走直接吞噬了力天使的S2机关。
难道说的就是这个？
因为使徒拥有了S2机关，才会有源源不断的能量支持其庞大的身体行动。
那按照这个理论，初号机有了S2机关，岂不是也是这样，自己就能拥有力量？
然后葛博士的团体选择前往南极大陆验证S2理论，着手研究S2机关的研发。
从死海发现的朗基努斯之枪也被带到了南极基地，然后……他们开始对“亚当”进行了调查，并着手和“亚当”的接触实验。
而这次接触实验，造成的就是第二次冲击事件。
这个时候，随行的碇源堂和后面说到的基尔议长却是率先一步带着这次的实验数据回到了NERV总部。
显然他们知道会接下来发生什么事情。
葛博士的团队果然在接下来的和“亚当”的接触实验当中，引发了名为第二次冲击的惨案。
他们尝试用朗基努斯之枪封印住“亚当”，但是失败了。
第二次冲击的惨案发生，南极大陆化为空洞，幸运生还的年幼美里也出现在了画面之中。
她生还后还患上了失语症，很长时间才从中走出来
从此南极大陆变成控工，海平面上升数十米，就连地球的自转轴也出现偏离，灾害不断。
地球发生剧变，然而在其描述中，被高层们掩盖了下来，将其描述为一场陨石撞击的天灾，而非人祸。
而在Seele组织高层中，死海文书的内容再次得到了验证。
接着在他们的授意下，E计划启动，即复兴亚当计划。
然后他们又在死海文书内容的提示下，他们在如今新魔都市的地方发现了另外一个巨大地洞。
而Gehirn研究所就在这里建立了起来。
在这之后，E计划的进程加快，他们建造出了EVA初号机的头颅和脊髓。
冬月博士便因此被碇源堂所蛊惑，加入到了制作EVA机体的项目之中。
而就在E计划进行中，名为慕赤子的女人出现，她是超级计算机科学家，而她就是律子的母亲。
她被碇源堂重用，着力研发出了后面成为NERV总部独立系统的MAGI计算机系统。
然后……
初号机也开始着手建造，但就在这个时候，碇唯带到了此时还只是小孩子的碇真嗣来到初号机的研发基地。
然后……她就这样失踪了。
剧集里没说为什么，总之她就意外失踪了，给碇真嗣造成很大心理阴影。
他直接就此离开了新魔都市。
但碇源堂的脚步却未就此停止，零号机和初号机的研发还在继续，他还提出了一个全新的计划。
虽然他没有明说计划是什么，但是大家很清楚……
这大概就是那个被反复提及的“人类补完计划”。
接着，年幼时期的绫波丽就这样水灵灵地突然出现在了碇源堂身边。
只不过这个绫波丽……看着没有后面三无少女的那种安静恬美的模样，相反嘴角始终挂着一丝笑意。
正当大家以为是不是绫波丽也是后面发生了什么事，才变成之后碇真嗣认识的那个模样时……
赤子却是看着此时的绫波丽感觉很是熟悉……
她觉得很像碇唯。
于是，结论也很容易得出来了……
“原来绫波丽一直都是克隆人吗？碇唯的克隆人？”
柯心洁等观众们顿时猜了出来。
然而对于周文伟这种坚定的碇绫党来说，天都要塌了。
绫波丽是碇唯的克隆人，那岂不是说绫波丽是碇真嗣的母亲？
这是什么诡异的设定啊？
有情人终成母子？！
总之，如日中天的碇绫党一下子陷入绝境当中。
而碇明党则是狂喜，没想到仅凭官方的出手，就打倒了生死大敌碇绫党。
不过……世子之争向来如此！
动画里的党争派系也是，都是你死我活的境地。
而且这也和他们没关系，他们算是纯躺赢了。
刚刚完成学业的律子入职了NERV总部，正打算去找母亲赤子的时候……
却是发现了二人不为人知的关系。
其实按理来说吧，碇唯失踪了，生死不知的情况下。
碇源堂这和赤子也算是正常发展男女关系。
没有什么过错。
只是后面发生的事情……
绫波丽找到了赤子，赤子一开始还很和善地询问她是不是被碇源堂忘记了。
然而这个时候的绫波丽却是对着赤子，突然嘴臭连击——
“不用你管，老太婆。”
“别管我，老太婆。”
女人对于年龄是异常敏感的，然而绫波丽也只是个小女孩。
所以赤子勉强保持耐心。
但是绫波丽却继续说出让她扎心的话——
“你就是老太婆哦。”
“提到你的时候，所长就是这么说你的。”
“他说老太婆就是啰嗦，老太婆没什么利用价值了。”
……
然后和碇源堂的种种回忆涌上心头，赤子眼神里涌现出杀意。
她直接伸手……掐死了绫波丽！
同时她一边掐着绫波丽，一边说道，“反正即使你死了，也会有替代品……”
突然她愣了一下，然后说道，“反正和我一样……”
是啊，她和现在这个克隆人绫波丽都是有替代品的。
然而观众们看到她掐死了绫波丽，都摸不着头脑了。
“什么？绫波丽这里就死了？那后面那个……”
“她不是说了吗？反正都有替代品。”
“绫波丽就是克隆人啊……所以后面可以再复制出来无数个，所以都有替代品。”
“最扎心的是，赤子不是克隆人，但她其实心里清楚，自己在碇源堂眼里只是个利用的工具，和代替碇唯位置的替代品，所以她也是可以被替换的。”
“所以这个是绫波丽零号机，后面那个是绫波丽初号机咯。”
“神TM零号机初号机。”
“为什么两个克隆人，性格完全不一样啊，后面的绫波丽那么可爱那么懂事，这个这么嘴臭？”
“我只能说……如果两个孩子是双胞胎，基因没什么问题完全一样的话，那么性格差异就只能是来自于成长环境。”
“这个……看起来怎么像是碇源堂的问题？”
“孩子很少会撒谎的，所以绫波丽不一定只是单纯嘴臭，她说的这些话真的有点可能是来自于碇源堂原话。”
“碇源堂……这是图什么？”
……
但在赤子因为一时愤怒，亲手掐死了绫波丽之后，她又惊恐万分。
接着不知道是因为怀揣着畏罪自杀的心理，还是说被绫波丽说出了那些事，她觉得生无可恋。
总之，她当晚就跳楼自杀了。
所以这件事就因为她的自杀不了了之，后面人类补完计划委员会解散了Gehirn研究所，转而打散重组。
在原来的人员转移和研究所所在地上建造了执行整个计划的特别行动机关NERV总部。
而律子则是接替了母亲赤子的工作，负责NERV总部和EVA计划的计算机工作。
同时，美里也从父亲身亡的阴影中走了出来，为了完成父亲的心愿，和弥补其过错，她也加入到了NERV总部当中。
后面一切的故事也就再度回到了大家熟悉的剧情当中。
而在过去的这些剧情插叙讲出后，观众们终于好像有些懂了。
但又不是很懂。
毕竟最重要的那些部分，比如第二次冲击事件和“亚当”等使徒的来由是什么？
人类补完计划又是什么？
还有碇唯究竟是为什么出现了意外，是碇源堂干的吗？
为的就是彻底占据碇家的势力，为他所用？
总之还有太多太多谜题了。
而动画这一集最后，却回到了现在的时间线里。
只见加持良治囚禁了冬月博士，然后他下定了决心，“那么，开始行动吧。”
“我只是想要知道接近自己心中的真相而已。”
在这说完后，他解开了冬月博士手上的镣铐，同时他说道，“何况，我把尼布甲尼撒之钥暗中给碇司令的事情好像败露了。”
“如果不想办法自保的话，那可就不妙了。”
他们就这么一边往外走。
而画面给到了美里那边，美里似乎也被囚禁了，只不过她也得到了释放。
但在被释放后，她还是想着加持良治，想询问加持良治的事情，但却被告知不知道。
可就在不久后，加持良治在一扇工业排气扇前，似乎等待着什么人。
“哟，来的挺慢啊……”
他看向屏幕，但是不知道他等的是什么人。
然而就在这时……
“砰——！！”
一道异常响亮的枪声响起，然后画面暗了下去。
加持良治却是就此……被枪杀了。
而凶手究竟是谁，没人知道。
这一幕突然的发刀，立刻就引起了观众们的注意。
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